Fakultas Peternakan Universitas Sam Ratulangi didirikan untuk menjawab kebutuhan ilmu dan teknologi di bidang peternakan guna memenuhi permintaan masyarakat akan protein hewani. Semula, ada tiga program studi di fakultas ini, yaitu Nutrisi dan Makanan Ternak, Ilmu Produksi Ternak, dan Sosial Ekonomi Peternakan. Namun, berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional No 163/DIKTI/Kep/2007 tentang Penataan dan Kodefikasi Program Studi pada Perguruan Tinggi, pendidikan sarjana peternakan yang diselenggarakan oleh perguruan tinggi negeri di Indonesia ditetapkan menjadi satu program studi saja, yakni Program Studi Peternakan.